IDN Times/Achmad Hidayat Alsair
Namun, pada masa konfrontasi melawan Malaysia, Kesultanan Bulungan mengalami kehancuran. Kesultanan ini dituduh berafiliasi dengan Malaysia yang saat itu didukung oleh Inggris. Tuduhan tersebut berujung tragis, karena sebagian besar anggota kerajaan dieksekusi.
Brigadir Jenderal Suharyo, yang memimpin tentara di Kalimantan, memerintahkan pasukannya untuk membantai anggota Kesultanan Bulungan tanpa alasan yang jelas. Harta benda kesultanan, termasuk ratusan benda antik buatan Tiongkok dan Eropa, dijarah. Istana yang sudah berdiri ratusan tahun pun dibakar habis tanpa sisa.
Datuk Abdul Hamid, salah satu anggota keluarga Kesultanan Bulungan yang tersisa, terus berjuang mempertahankan warisan sejarah kesultanan ini. Ia berharap pemerintah menjaga tapak sejarah Kesultanan Bulungan, seperti halnya kerajaan-kerajaan Nusantara lainnya, dan membangun kembali istana yang telah hancur.