Kesultanan Kutai Kertanegara dipimpin oleh pemimpin yang keras melawan penjajahan VOC Belanda. Ia adalah Sultan Aji Muhammad Idris yang rela mengorbankan nyawanya saat berjuang bersama Sultan Wajo.
Meninggalnya Sultan Muhammad Idris terjadi pada tahun 1778, kepergiannya meninggalkan perselisihan di Kesultanan Kutai Kertanegara. Pangeran Aji Kedo merebut kekuasaan yang pada saat itu kekuasaan tersebut seharusnya diberikan kepada Aji Imbut. Aji Kedo menobatkan dirinya sebagai Sultan Kutai Kartanegara, yakni penerus Sultan Muhammad Idris.
Dua tahun setelahnya, Pangeran Aji Imbut merebut kembali tahta yang menjadi haknya. Tentunya dibantu oleh para pengikutnya, ayahnya dan dari orang-orang Bugis Kesultanan Wajo. Kemudian Aji Kedo mewalahan melawan Aji Imbut. Aji Kedo meminta bantuan VOC, namun usahanya sia-sia sehingga Aji berhasil memenangkan peperangan di tahun 1780.
Kemudian, pangeran Aji Imbut resmi menjadi Raja dari Kesultanan Kutai Kertanegara dengan gelar Sultan Aji Muhammad Muslihuddin. Pada 28 September 1782 melakukam pemindahan ibu kota kerajaan ke daerah tepian Pandan. Hingga sekarang, pusat Kutai Kertanegara masih berada di tepian Pandang, tepatnya di Tenggarong Kukar Kaltim.
Dua tahun setelah Indonesia merdeka, Kesultanan Kutai Kertanegara berstatus daerah Swapraja dan masuk dalam Federasi di Kaltim.