Sejarah pembentukan Gua Haji Mangku akibat adanya suatu proses alam yang melubangi batuan dan meninggalkan jejak berupa rongga-rongga. Selain itu juga, beberapa cerita yang menjelaskan asal muasal nama Gua Haji Mangku.
Nama Haji Mangku berasal dari sebutan masyarakat Pulau Maratua yang mengenal tanah ini gua sebagai tanah perorangan milik seorang haji yang bernama Haji Mangku.
Namun saat ini nama gua tersebut juga dinamakan sebagai Gua Halo Tabung.
Bagi wisatawan yang telah sampai di lokasi Gua Haji Mangku, dapat memasuki Gua Haji Mangku dengan dua cara yaitu terjun langsung dari atas gua atau masuk dari bagian mulut gua yang berada di bagian bawah.
Mulut Gua Haji Mangku setengahnya ditutupi oleh air.
Waktu terbaik untuk mendatangi lokasi Gua Haji Mangku adalah saat siang hari, karena pada saat itu cahaya matahari masuk ke dalam gua bahkan menembus bagian dalam gua dan membuat air di sekitar Gua Haji Mangku terlihat biru dan jernih.