Di kawasan taman hutan raya sekarang ini sudah banyak yang berubah sebagai ekosistem hutan tanaman. Hal itu lebih sebagai bentuk upaya rehabilitasi dengan berbagai macam jenis tanaman di hutan tersebut, di antaranya:
Acasia (Acasa mangium)
Sengon (Akbasia sp)
Mahoni (Sweitenia Mahagoni spp)
Flora asli dominasi Meranti (Shorea sp.)
Mahang (Macaranga Hypoleuca)
Ulin (Eusideraxylon zwageri)
Kayu arang ( Diospyros sp.)
Palaman (Iristania spp.)
Resak ( Vatica spp)
Bayur (Strerispermum spp)
Karet (Havea brasiliensis)
Gmelina (Gmelina arborea)
Rotan (Calamus sp)
Aren (Aengan catechu)
Ketapang (Terminalia catappa)
Fauna Taman Hutan Raya Bukit Soeharto
Tidak hanya flora yan mendominasi hutan lindung, namun juga terdapat beberapa fauna yang juga tinggal di bukit Soeharto. Ada beberapa fauna yang hidup di hutan lindung bukit Soeharto antara lain:
Orang utan (Pngo Pygmaeus) di fasilitas rehabislitasi Pusat Reintroduksi Orang Utan Wanariset Sambja
Beruang Madu (Helarctros Malayanus)
Landak (Hystrix brachyura)
Macan dahan (Neofelis nebulosa)
Owa-owa (Hylobates muelleri)
Kera ekor panjang (Macaca fascicularis)
Burung Enggang (Buceros rhinoceros)
Trenggiling (Manis javanica)
Tupai (Tupaia sp)
Rusa Sambar (Cervus unicolor)
Kuau Besar (Lophura sp.)
Babi hutan (Sus sp)
Biawak (Varanus Salvator)
Cucak Rawa (Pycnonotus zeylanicus)
Demikianlah beberapa uraian mengenai keberadaan Taman Hutan Raya Bukit Soeharto yang ada di Kalimantan Timur. Bukit Soeharto sebagai hutan lindung banyak menyimpan flora dan fauna langka.