Beberapa titik banjir di Samarinda ini antara lain di daerah Jalan D.I. Pandjaitan, Jalan A.W. Sjahranie, Jalan Pasundan-Jalan Merbabu, Jalan Pramuka, Jalan Lambung Mangkurat, dan beberapa simpang empat yaitu di dekat Mal Lembuswana, Sempaja, dan Air Hitam.
Menurut Bernaulus, "Di hulu, di tengah, dan hilir ada masalah. Hulu daerah tangkapan air DAS, misal di hulu sungai, di perumahan, perbukitan. Di tengahnya saluran-saluran air drainase kota, dan di hilir Sungai Karang Mumus yang makin lama makin dangkal. Jadi ini sebenarnya harus ditangani secara komprehensif," jelasnya.
Itulah sebabnya perlu ada beberapa tindakan pengendalian baik untuk perumahan, pertambangan, dan penggusuran lahan-lahan berbukit. Di hulu misalnya, perumahan-perumahan yang didirikan harus memiliki embung. Embung ini bakal berguna untuk menampung air hujan, mencegah banjir, irigasi, budidaya perikanan, bahkan dapat menjadi lokasi ekowisata.
Bernaulus juga mengatakan, "Pembenahan di tengah kota adalah pembangunan saluran drainase yang baik. Daerah Sungai Karang Mumus ya harus dikeruk karena dangkal."
Ia juga menyadari penanganan banjir ini memerlukan dana tak sedikit. Pemerintah kota, provinsi, bahkan pusat mengucurkan dana besar.
Ia berharap agar penanganan betul-betul komprehensif karena tidak akan tuntas jika dilakukan secara parsial."Meski dana cukup tapi pembenahan yang tidak komprehensif dari hulu sampai ke hilir mungkin bagian-bagian tertentu dapat ditanggulangi tapi tidak akan menyelesaikan masalah dalam jangka panjang," jelas Bernaulus.